Проверил в 24 ArchiCAD такого не замечается.
1) Какая версия ArchiCAD?
2) Разумеется это каталог элементов (на скрине не виден)?
3) Протестируйте что будет если поменять в критериях классификацию на тип элемент (но у меня и так работает)?
4) Как установили количество окон = количеству слоев меняли конструкцию стен?
5) При выделении через каталог элемента и удалении его, пропадают все элементы с дубликатами?
6) Если нечего не помогло можете выслать файл (или его часть где проблема остается) посмотрю.
