Насколько я понимаю, на плане демонтажа вы видите не остаток стены под подоконником а сам подоконник с отливом. Если в статусе реконструкции сделаете демонтируемые элементы другим цветом (например красным) то увидите, что весь балконный блок будет красным вместе с этим подоконником. Я обычно выноской прописываю, что "Демонтировать балконный блок включая часть стены под подоконником"
Другим цветом делал демонтируемые, и подоконник с отливом убирал, и чего ещё только не делал, но на плане закрашивается по-прежнему только сама рама. Причем на 3Д всё отбражается по-человечески логично:
Видимо, действительно, придется просто выноской дополнять, хотя это не так наглядно к большому сожалению, либо же штриховку накладывать, но это как-то не по-БИМовски )