Избранное действует в пределах одного проекта.
Чтобы Избранное применялось и в других, надо после его настройки в "чистом проекте" сохранить проект как шаблон и пользоваться им.
На ArchiCAD-Talk было пожелание сделать это удобнее, по аналогии с передачей реквизитов из одного проекта в другой.