И вообще, весь плинтус нужно отправить в отдельный слой, и задать этому слою другой номер группы пересечения. А то уж больно много исправлять.
На будущее. Если ставите к стенам всякие дополнительные элементы построенные тоже инструментом "стена", во время построения отключайте опцию "Автопересечение".
У вас базовые линии стен-плинтусов автоматически присоединились к базовым линиям основных стен.
Вот вам и ответ на ваш вопрос: "почему программа видит установленный плинтус у стены (плинтус сделал инструментом "стена") как часть этой стены. Причём происходит это только в тех местах (торцах), где проём в стене сделан при помощи операц. над объёмными элемент."
И происходит это не только где проём. Это вы смогли увидеть в месте, где поставили проем.