вообще окна можно опускать ниже нулевой отметки стены, поэтому все что тебе остается так это на нижнем этаже в этом месте поставить пустой проем
от нижней отметки окна и до верха стены...
либо другой способ, можно еще поиграть с отметкой верха стены на нижнем этаже, и соответственно с отметкой низа на верхнем, но этот способ более геморойный из за того что работаешь не со всей стеной, а только с ее частью, в которой окно и находиться...
З.Ы.: в настройках проема на нижнем этаже не забудь настроить 2д вид...