Я тоже создаю наборы слоёв для каждого чертежа типа "План 1-го этажа, Фасад, Разрез, План проёмов" и никаких проблем не возникает. Каждому чертежу свой набор слоёв. Для удобства можно конечно обзывать к примеру комбинации слоёв типа "1-План проёмов" и всем слоям использующимся в этой комбинации присваивать индекс (расширение) "1" типа "Размеры проёмов" - "1". Не вижу в этом никаких проблем.