Ладно, детально как я это вижу:
Вариант 1
кнопки как на скрине слои и комбинация слоев рядом вверху, внизу же соответствующие им операции создать обновить удалить и т.д.
метод простой изменяем слои как нам надо работаем, нравится комбинация заходим в комбинации и обновляем имеющие или создаем новую.
Вариант 2
кнопок нет. т.е есть одна в навигаторе и предназначена она слоям в принципе.
и уже в самом навигаторе как бы подразделы - слои и отдельно комбинации.
метод работаем в категории слои изменяем их , потом раскрываем список комбинаций и уже работаем с комбинациями.
Ну суть даже не в интерфейсе, а в интерактивности, чтобы я не отрывался от моделинга/чертежинга и работал со слоями, а не с выскакиваемым ненастраиваемым(в плане формы и размеров- ну не хочет профиль окружающей среды сохранять панель слоев как мне хочется) существующим окном слоев
Мне мало просто переключения в оперативных параметрах заведомо нередактируемых комбинаций слоев...маловато..

Ну если уже вреднячать то можно еще одну кнопочку доделать с принтером для слоев (ну это так из разряда женских капризов)
скрин обновил