А если переключиться в верхнее положение (Use Document Folder), то что, не устраивает?
Никогда не менял эту опцию, всегда стоит "Использовать папку проекта" - 0 проблем.
Еще есть магическое обнуление настроек через удаление ветки реестра, можно попробовать на крайний случай.