При повторном заходе в 3d в пределах работы с файлом не должно меняться, если не подразумевается повторное открытие ArchiCAD.
Указанную на скриншоте схему нужно пересохранить (переопределить), а также использовать по умолчанию в глобальном профиле для сохранения настроек (это касается и всего прочего: меню, панелей, комбинаций клавиш и .т.д).
В общем, изучайте и работайте со профилями "Окружающей среды".
"Справочное руководство" просветляет.