Раз спецы молчат, наверно нет решения. Я тоже с таким сталкивался и ничего умнее не придумал, как выполнят пересечения таких стен по аналогии с вычерчиванием пересечения перегородок к стенам (чтоб была видна линия примыкания). Делай пересекающиеся стены так, чтоб их базовые линии не касались друг друга и тада стены автоматом не буду подрезаться.
Есть еще вариант: дорисовать недостающую часть и поместить в слой, который не будет виден когда включишь слой с примыкающей стеной.