Если они являются реквизитом какого-нибудь элемента, надо заменить на другой реквизит. Это все из старья, миграция. Почему говорю про конкретный проект? Потому что при открытии другого с этим шаблоном, в другом проекте, все снова появится. А вот в том где все вычистил в реквизитах и сохранил -нет. По крайней мере у меня так получалось.