Для начала, надо в журнале авторского надзора записать всё как положено, с указанием дальнейшей возможности строительства или переделки брака.
Ну и паралельно письмо заказчику и начальству подрядчика.Но только конкретно надо указать, что и где не соответствует и какому листу проекта, а не просто- построено не по проекту.