Видимо, что-то не так делаете.
По идее, порядок должен быть таков:
(работа в "Карте проекта")
1) чертите, размещая объекты в нужные слои.
2) объединяете группу слоев в комбинацию/-ии.
--
(работа в "Карте видов")
3) находясь в нужной комбинации слоев, а также наборов перьев, модельных видов и т.п. идете во вкладку "Карта видов" и сохраняете текущее положение в вид, именуете, раскладываете по иерархии.
4) далее, отсюда же можно разместить в крайнем по обращению макете. (правый клик - команда "Разместить в макете").
--
(работа в "Книге макетов")
5) вставляете вид в макет, редактируете расположение и прочие настройки.
При таком порядке ничего не должно пропадать.
Для прояснения деталей почитайте справку.