Настройки есть под каждый открываемый проект. Они хранятся в файлах с расширением .prf
Найти их можно в соответсвующих подпапках папки %AppData%\Graphisoft\
Пример:
%AppData%\Graphisoft\ArchiCAD 11.0.0 INT R1\
%AppData%\Graphisoft\ArchiCAD 12.0.0 RUS R1\
Остальные настройки хранятся в файлах .xml и .bin там же, в подпапках
Для того, чтобы сбросить настройки в общем случае достаточно удалить файлы .prf