Стены, которые не изменяются, заношу в стандартный слой "Конструктивный - Несущий".
А перегородки, в слои согласно вариантам: "Перегородки.1", "Перегородки.2", ...
Так же поступаю и с другими элементами присутствующими только в одном варианте: "2D-чертеж.1", "2D-чертеж.2", ... или "Интерьер - Мебель.1", "Интерьер - Мебель.2", ...
Если вы заметили, я даю слоям не разные названия, а разные расширения. Так удобнее управляться с ними через фильтр.
Далее составляю комбинации слоев: "План - 1 вариант", "План - 2 вариант", ... "Визуализация - 1 вариант", "Визуализация - 2 вариант", ...
При составлении комбинаций устанавливаю номер группы пересечения для слоев с перегородками. Делается это для того, чтобы видимые и спрятанные стены не соединялись при пересечении.
Например, для комбинации "План - 1 вариант" слой "Перегородки.1" будет иметь номер "1", а "Перегородки.2" и "Перегородки.3" - "2".
Для комбинации "План - 2 вариант" слой "Перегородки.2" будет иметь номер "1", а "Перегородки.1" и "Перегородки.3" - "2".
А вот всем слоям с именем "Интерьер - Мебель" всегда даю номер группы пересечения "0". Делаю это потому, что при составлении корпусной мебели использую инструмент "Стена". Так вот, стены в слое с номером группы пересечения "0" не будут пересекаться ни с какими другими стенами, в том числе и с теми которые также находятся в слое с номером группы "0". А это как раз и требуется при показе корпусной мебели.
Вот такая технология.
В первый раз настройка возможно и займет у Вас некоторое продолжительное время. Но если Вы мудры, то сохраните список слоев и их комбинаций в файл *.aat или в файл шаблона проекта *.tpl. Затем будете его использовать в новых проектах.