Вырезать котлован в рельефе можно с помощью операций над объемными элементами (SEO).
А можно вырезать дырку в рельефе насквозь, с помощью того же инструмента 3D-Сетка.
П.С. Что такое Операции над объемными элементами (SEO) и как они делаются, поможет Справка или поиск по форуму.