Спасибо. Разобрался.
Хоть вы и разобрались, позволю себе процитировать справку
Примечание о пересечении со спрятанным слоем: Элементы, имеющие идентичные группы пересечения, будут пересекаться, даже если один из слоев спрятан. Это может привести к "потере" линий, указывающих пересечение с элементом спрятанного слоя. Во избежание этой ситуации откройте окно установки параметров слоев, выберите один из слоев и присвойте ему другую группу пересечения.
Исключение для уровня 0: Пары элементов, которые принадлежат группе пересечения 0 (не зависимо от того, принадлежат ли они одному слою) НЕ будут пересекаться