Не тупи, у тебя при выборе инструмента зона есть три режима использования (см. скрин от Коте, красненьким показано) - вручную, по внутренним поверхностям и по линиям привязки. Выбирая режим от руки - ты заполняешь весь объем, не вычитая колонны и внутренние перегородки (тут треба в дальнейшем минусовать), а выбирая автоматический режим - колонны и внутренние перегородки (стены) вычитаются автоматом.