Если речь об открытии уже сохраненного файла то, какие установки сохранили, с такими и откроется.
Если же речь об открытии как создании нового проекта на основе стандартного шаблона, то верно, но отчасти. При создании шаблона, разработчики действительно что-то накрутили, и при выделении папки, пункт "Объединить в один PDF" отсутствует. Но он присутствует когда выбираем всю книгу, и там стоит галочка, и все сохраняется в один PDF.
П.С. Я использую свой шаблон на основе стандартного, где многое поисправлял согласно своим потребностям.