Не совсем понятно что вы делаете, если вас правильно понял и у вас только панель на которой нужно создать отверстия (и нет элемента фурнитуры которым можно вырезать), то вам стоит изучать GDL скрипт.
1) добавлять параметры под отверстия с координатами (лучше параметры массивом)
2) создавать геометрию (например CYLIND) которая будет вырезаться из панели SUBGROUP, возможно создавать какие-нибудь сборки из 3 -4 отверстий сразу, используя параметры.
3) Потом искать информацию по редактируемым графическим точкам если хотите задавать не только через параметры, а с помощью редактирования хотспотов.