Что я думаю.
В менеджере реквизитов мы можем посмотреть номера стандартных покрытий при использовании стандартного шаблона.
1) Можно сидеть и заменять покрытия, что бы у них сохранялся номер пера, но это такое тупо занятие, потому что за всем следить просто нереально.
2) Иметь свою библиотеку покрытий (можно специально ее еще и как lcf контейнер сохранить, но не обязательно, больше как побаловаться), а из стандартной библиотеки удалить все покрытия что бы не подгружались, настроить избранное и прочие реквизиты и сохранить это в свой шаблон. Ну и при переходе на новую версию, открывать шаблон и актуализировать информацию, возможно какие-то зависимости обновить и снова сохранять как шаблон.
На мой взгляд это единственно рабочая схема.
Тут конечно работы не меньше (в первую итерацию), но не нужно запариваться за номера покрытий, так как всегда используемых покрытий в проекте всегда плавающее кол-во.
P.S. Не настаиваю, может есть и варики поинтереснее.