Я в модулях стенам задаю спец слой а в основном проекте стены со слоем "стены-фасады", например, и чтобы не взаимодействовали между собой в комбинациях слоев назначаю соответственно разные группы пересечения. Увы, неудобно немного, но модулями удобно многоэтажную внутрянку заменить все же.