А какой Артлантис? Как не сохраняет, ругается? У меня в 4.5.6. не хотел некоторые библы сохранять, из-за них и весь проект. Если у тебя 4,5 попробуй сохранить как *opt.
2 Собирать в Артлантисе, значит экспортить не весь проект а по частям с последующим добавлением в первую открытую в Арте сцену остальных кусков. Типа вырубил половину слоёв и сохранил, потом вырурубил вторую половину слоёв а первую включил и опять сохранил. Это грубо говоря. В Разных версиях АртЛантиса добавление в сцену делается по разному.