Если какое то окошко не попало в плоскость сечения этажа, то не обязательно менять высоту сечения, чтобы увидеть это окошко. Достаточно в параметрах стены указать вместо "показать только сечение" " показать сечение и верх" или "сечение и низ " взависимости от того, выше или ниже сечения это окошко. И оставить плоскость сечения в покое, а играться только комбинацией слоев и модельными видами.