Отсёк лишние элемены операциями твердотельного моделирования.
Если это Ваш первый проект в Архикаде - я бы советовал, все-таки, научится правильно обрезать, ибо как операции с вычитанием не всегда полезны. ИМХО
П.С. Можете выложить файл? Просто интересно... Может подскажем по факту, так сказать.
...возможно проблема в настройке подрезки (см. скрин)