Вы можете извлекать контейнер куда угодно, по умолчанию он распаковывается в той же папке, но можно тут же сделать новую или вообще на другой диск распаковать.
В случае распаковки контейнера из загруженной библиотеки вам потребуется выйти из архикада, иначе вам не удастся удалить .Lcf
Этого выхода не потребуется если вы не загружали контейнер через менеджер библиотек, к примеру прямо из 19_го распаковали контейнер 16_го. Тогда AC_19 не связан с контейнером от 16_го.
ЗЫ. А грузить одновременно контейнер и даже один файл из распакованной папке - равносильно дубликатам.
Upd. Распакованное содержимое не загружается автоматически в библиотеку, это просто распаковка контейнера.