Я вот тоже сталкнулся с этой проблеммой.
И не нахожу решения.
Открываю через MF в Cinema 4D новый проект, импортирую нужную мне модель, отправляю обратно в Арчик, и получаю модель из одного материала вместо нескольких.
Может все-таки есть решение, в настройках, например...