Если закрыть слой , на котором маркеры, и сделать такую комбинацию слоев, то маркер ОБЯЗАН исчезнуть.
Зеленый прямоугольник - это, похоже, выделенный вид в макете. Щелчок в сторонке и нет зеленого цвета прямоугольника. Кстати границы вида /этого прямоугольника/ можно уменьшить , если взяться за край мышкой , так, чтобы маркеры оказались за границей вида, они исчезнут в макете.